El patrimonio que custodia, documenta, investiga y difunde el Museo Histórico Nacional, ha sido agrupado en las siguientes colecciones:
Artes decorativas y escultura
Artes populares y artesanía
Pintura y estampas
Textil y vestuario
Herramientas, equipos e instrumentos
Mobiliario
Numismática y medallas
Libros y documentos
Armas y armamentos
Fotografía
Arqueología y etnografía
Institucional