Dentro del Museo, la Historia de Chile está contada museográficamente a través de las siguientes salas temáticas:
Sala Los Primeros habitantes de Chile
Sala Descubrimiento y Conquista
Sala La Ciudad Indiana
Sala La Iglesia y el Estado
Sala La Sociedad Colonial
Sala La Sociedad del siglo XVIII
Sala El Colapso del Imperio
Sala La Idea de Libertad
Sala La Recomposición del Orden
Sala La Consolidación del orden Republicano
Sala Los Medios de Transporte
Sala La Educación
Sala El Orden Liberal
Sala El Parlamentarismo
Sala La Sociedad a principios del siglo XX
Sala Esperanzas de cambio
Sala La Gran Crisis
Sala Del Frente Popular a la Unidad Popular
Institucional